企业取得异常增值税扣税凭证怎么办？根据相关法律法规的规定，增值税专用发票是增值税一般纳税人销售货物或者提供应税劳务开具的发票，是购买方支付增值税额并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。在企业的日常经营中，有时会出现一种情况，就是因为开票人的某些原因，导致收票人取得的增值税专用发票，成为了异常增值税扣税凭证。

　　A公司承接了一项工程后，因为紧张，于是向自然人张三借款，但是张三无法开具增值税专用发票，于是张三找到了B公司，由B公司与A公司签订合同，张三以B公司的名义履行了合同义务，然后由B公司向A公司开具了10份专票，A公司将款项支付给B公司后，B公司扣除开票费用，将剩余款项转给了张三。

　　因为B公司对外代开了很多增值税专用发票，有的是没有真实业务的虚开，金额高达亿元，已经被所在地税务和公安联合侦办，因此B公司开出的发票都被定性为了异常并发函给受票单位所在地主管税务机关进一步核实，也正因为如此，A公司所在地税务机关收到了协查函，才向A公司发出了税务事项通知书。

　　其实这个案件的核心要点很简单，就是B公司经常对外代开增值税专用发票，但是出现了一些没有真实业务而为他人进行虚开的行为，且金额巨大，所以包括为A公司开具的发票在内，B公司所开出的所有增值税专用发票均被税务机关定性为异常。故而A公司取得的这些增值税专用发票，也就成了异常增值税扣税凭证，那么，在这种情况下，A公司该怎么办呢？

　　根据《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第38号）第三条第（一）项的规定，A公司取得的这些发票，尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。税务机关也是根据此条法规的规定，在《税务事项通知书》中，要求A公司对这些发票暂作进项税转出处理。

　　当然，如果A公司对税务机关的认定有异议，可以根据《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第38号）第三条第（五）项的规定，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税；符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。

　　《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第38号）第一条规定：

　　（四）经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；

　　（五）属于《国家税务总局关于走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（一）项规定情形的增值税专用发票。

　　（一）尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。

　　（二）尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税。适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的,应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。

　　纳税人因骗取出口退税停止出口退（免）税期间取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，按照本条第（一）项规定执行。

　　（三）消费税纳税人以外购或委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，尚未申报扣除原料已纳消费税税款的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，冲减当期允许抵扣的消费税税款，当期不足冲减的应当补缴税款。

　　（四）纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。纳税人逾期未提出核实申请的，应于期满后按照本条第（一）项、第（二）项、第（三）项规定作相关处理。

　　（五）纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税；符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。

　　纳税人取得的增值税专用发票，如被税务机关通知列为了异常增值税扣税凭证，一定要按照税务机关下发的《税务事项通知书》中的要求及时进行处理，如对相关的处理流程不了解或不确认，一定要及时向税务机关咨询确认，千万要抱着“我认为”的心态对付了事，否则，就可能出现税务方面的违法行为。